合理的舰队配兵是战斗胜利的核心要素。舰船分为战列舰、巡洋舰、驱逐舰和护卫舰四种主要类型，每种类型在战斗中承担不同职责。战列舰火力强大但移动缓慢，适合作为主力输出；巡洋舰兼具火力与机动性，是中距离作战的中坚力量；驱逐舰速度快且成本低，适合执行侦察和骚扰任务；护卫舰则主要用于防空和护航。配兵时需要根据敌方舰队构成调整己方舰船比例，例如面对大量舰载机时需增加防空型护卫舰数量。
舰船站位是配兵时需要重点考虑的另一个维度。舰队分为前、中、后排三个位置，防御能力强的舰船应放置前排吸收伤害，中排部署均衡型舰船，后排则安排远程输出单位。部分特殊舰船如艾奥级巡洋舰虽为前排单位但输出能力突出，需要搭配奇美拉级等纯防御型巡洋舰共同承担伤害。武器系统的战斗序列决定了攻击优先级，配兵时应确保前排单位能有效吸引敌方火力，例如当敌方主要使用针对驱逐舰的武器时，可减少驱逐舰数量而改用护卫舰作为前排。
蜂巢守卫者是当前版本最强的护航艇，对中型舰船具有显著杀伤力；而区域防空型舰载机如光锥级的防空无人机能有效保护舰队免受空袭。载机舰的选择也至关重要，721载机型是前期性价比最高的炮艇搭载平台，太阳鲸级航母则在后期的舰队战中发挥核心作用。需没有优质舰载机的航母仅能作为肉盾存在，不如暂时放弃航母配置。
资源消耗与指挥值分配是长期发展的关键约束。845高速队等特殊编队虽然战斗力出色但消耗较大，新手应优先保证基础资源采集舰船的数量。工程舰建议携带仓库舰提升采集效率，中型工程车搭配721载货型能显著提高每小时采集量。在技术点分配方面，应优先强化主力舰船的护甲或输出系统，注意技能点一旦分配无法撤回，洗点操作仅返还80%资源消耗。
后期舰队建设需要兼顾火力与功能性。攻城型舰船如诺玛M470虽然攻城值不高，但能快速清理敌方护卫舰；奶舰如苔原级和卫士级在持久战中至关重要。高速抄家舰队应以拆除敌方前哨站和采矿平台为目标，配置高机动性的护卫舰和驱逐舰。万金油配兵方案通常包含3艾奥级巡洋舰、10斗牛级驱逐舰和10重炮阋神星级的组合，这种配置在399指挥值内能平衡攻防需求。
同一舰队内不同舰船应形成互补关系，例如斗牛级驱逐舰主武器针对护卫舰的特性可以与红宝石级护卫舰形成配合。增援舰队的选择也需符合战术需求，帝王级战列巡洋舰适合作为火力增援，而风暴级巡洋舰则能提供快速支援。玩家需要根据战场形势动态调整舰队构成，例如在敌方使用大量控制技能时配置抗性单位，面对高爆发阵容时增加减伤和治疗型舰船。
