协议系统是游戏核心玩法之一，玩家通过签订不同类型的协议参与星系开拓、资源争夺或特殊任务。协议签订需进入研究界面，点击下方研究协议按钮，每日有5次签署机会。选择研究方向和合作企业后点击签署即可完成协议签订，研究方向包括直射武器、投射武器等，合作企业则涉及安东尼奥斯、木星工业等不同阵营。签署后需选择具体研究目标并投入资源启动研究流程。
协议类型主要分为开拓协议和个人协议两大类。开拓协议通常以同盟为单位签署，例如特洛伊晶体开采协议要求玩家占领矿区联络站并运输晶体获取积分，节点恢复协议则需要对抗私掠者势力以恢复拉格朗日网络节点。个人协议如勘探者协议允许单独玩家执行星系环境探测任务，通过工程舰采集星球数据、资源点隐藏储量等目标获取勘探积分。不同协议对舰队配置有特定要求，例如勘探任务需配备工程舰，而晶体开采协议建议配置高速运输舰队。
签订协议前需评估当前发展阶段与资源储备。开拓协议往往需要同盟成员协同完成星系占领目标，建议在基地达到4级且拥有2支以上满编巡洋舰分队时参与。个人协议立者协议需激活72小时战略缓冲期，期间需完成三阶资源储备：一级用于协议任务，二级维持基地运转，三级转化为移动采矿平台。资源分配比例建议金属占50%、晶体30%、重氢20%，以应对协议任务的动态需求。
对于艾格勒姆探险协议这类限时协议，需组建5人队伍共享基地生产线，优先配置通用型舰船蓝图。而互助协议中NPC会主动进攻，舰队应避免在目标10格范围内集结，采用诱饵舰队战术消耗守军。特殊环境协议如三角星域需注意恒星喷流威胁，舰队需保持机动规避高速星体撞击，残骸收集是此类协议主要资源来源。
开拓协议以星系占有率、星门控制权为评定依据，个人协议则按积分排名发放奖励。技术档案、蓝图碎片等研究类奖励需在协议结束后手动领取，部分协议如勘探者协议会生成专属星系报告作为额外成就。建议定期查看协议界面的阶段性目标提示，及时调整舰队部署与资源调度策略以优化评定结果。
协议系统通过多维度的战略选择为玩家提供差异化发展路径，合理规划协议签订顺序与执行节奏是提升游戏进程效率的关键。需注意不同协议间的资源消耗冲突，避免同时进行多个高消耗协议导致发展失衡。舰队配置应保留至少1支机动部队应对协议突发任务，工程舰与快速反应舰队的常备配置能显著提升协议完成度。
