急冻鸟位于双子岛最深处，需将岩石推入洞中阻挡水流才能抵达。闪电鸟栖息于无人发电厂内部区域，火焰鸟则固定在火焰山山顶出现。超梦需前往华蓝洞窟最底层，而梦幻隐藏于红莲岛特殊建筑内，需取得秘密钥匙才能进入对应楼层。三圣兽中雷公在关东地区草丛随机出现，炎帝与水君分别位于特定岛屿的隐藏区域。
洛奇亚出现在第三岛屿右侧海域，凤凰栖息于第一岛屿山顶草丛。雪拉比活动范围限定在第三岛屿左侧的森林区域，需仔细搜寻。岩神柱、冰神柱与钢神柱分别分布于一号岛周边草丛、双子岛滑冰场及发电站附近，其隐蔽性较强需耐心探索。传说宝可梦的遭遇等级普遍在50级以上，建议队伍平均等级达到55级并携带足够的高级球与状态异常道具。
常规稀有宝可梦中，哈克龙在狩猎地带水域使用超级钓竿概率出现，迷你龙需在龙之谷深处垂钓获取。凯西、勇吉拉与胡地形成进化链，常磐森林与金黄市周边是主要栖息地。伊布作为特殊进化型宝可梦，可通过彩虹市公寓楼顶事件获得，其多分支进化需对应进化石触发。化石翼龙与镰刀盔需在月见山取得化石后于红莲研究所复活。
特殊场景宝可梦包括挡路的卡比兽，需使用宝可梦笛子唤醒后捕捉。幽灵塔内的鬼斯通系列需装备观测镜才能正常交战。游戏厅地下基地的火箭队事件结束后，可捕获其遗留的黑暗鸦与双弹瓦斯。代欧奇希斯不同形态分布于华蓝洞窟与彩虹岛拼图房间，形态切换依赖特定道具。
地理封锁型宝可梦如铁甲犀牛仅限冠军之路出现，快龙需在第八岛屿海域冲浪寻找。暴鲤龙由鲤鱼王20级进化而来，愤怒之湖可捕获高个体值样本。游戏后期通过岛屿扫描功能能定位化石盔、菊石兽等古代种，但每日限定捕获数量。所有传说宝可梦捕获后图鉴将标记具体经纬度坐标，便于重复挑战与个体值筛选。
