神兽的捕捉是游戏进程中的重要环节。急冻鸟位于双子岛最深处，需将岩石推下洞挡住急流才能遇到Lv50的个体。闪电鸟藏匿于无人发电厂内部，等级同样为50级。火焰鸟则固定在1号岛灯火山山顶出现，需击败馆主布莱并获得火山勋章后方可挑战。这三只神鸟作为基础神兽，捕捉时建议携带克制属性的宝可梦，并准备充足的高级球或时间球。
超梦作为人造神兽需在华蓝洞窟最底层捕获，该区域地形复杂且野生宝可梦等级较高，需掌握冲浪和攀瀑技能才能抵达。洛奇亚出现在第八座彩虹岛右下方的草坪，等级达70级，建议队伍中有三只以上高级宝可梦再尝试挑战。迪奥西斯在第九座彩虹岛完成拼图后出现，等级为30级，其超能力属性使恶系宝可梦成为最佳对战选择。冰神柱同样栖息在双子岛，需在滑冰场通过特定滑行路线触发遭遇。
初始御三家选择会影响三圣兽的遭遇类型。选择小火龙的玩家在击败四大天王后，可在关东地区草丛随机遇到Lv50的水君；选择妙蛙种子则对应炎帝；选择杰尼龟对应雷公。古拉顿位于1号岛火焰山地下，需使用高级精灵球提高捕获成功率。吉拉奇长期栖息在幽灵塔顶楼，需要通过暗器陷阱才能到达。这些神兽具有独特的属性组合，需针对性调整队伍配置。
将目标血量降至红色状态并施加睡眠或麻痹异常状态，能显著提升捕获概率。急冻鸟洞穴的推石顺序应为上→右→下→左，错误操作会导致瀑布无法堵塞。闪电鸟所无人发电厂迷宫可沿左侧墙壁直通深处。火焰鸟对战建议使用水系或岩石系技能规避火系抗性。所有神兽战斗均需携带足够伤药和状态恢复道具，持久战是常态。
急冻鸟的冰冻光线具有强力控制效果，闪电鸟的电磁波配合高速移动难以应对，火焰鸟的火焰漩涡能持续消耗对手。超梦拥有游戏顶尖的特攻种族值，洛奇亚的空中爆破具备范围杀伤力。这些特殊技能使得神兽在后期战斗中成为核心战力，合理培养后可显著降低通关难度。建议在捕获前存档，避免因意外失败导致神兽消失。
