主线任务是推动游戏核心剧情的核心玩法，而神秘任务则是隐藏的支线内容，通常需要特定条件才能解锁。主线任务以线性叙事展开，带领指挥官一步步了解世界观和角色故事，而神秘任务更像是彩蛋，提供额外的剧情碎片或特殊奖励。两者的触发方式、剧情深度和玩法侧重都有明显区别。
主线任务通常跟随游戏引导自动开启，指挥官只需要按照提示推进关卡即可。这些任务围绕灰鸦小队的行动展开，战斗和剧情交替进行，帮助指挥官熟悉游戏机制。而神秘任务往往藏在特定角色的间章、隐藏地图或特殊交互中，需要指挥官主动探索，比如击败特定敌人、收集特殊道具或完成前置任务才能解锁。
从剧情角度来看，主线任务承担着世界观构建的主要责任，故事连贯且节奏紧凑。神秘任务则更偏向补充设定，比如某个角色的过往经历或隐藏势力的背景故事。虽然不影响主线推进，但能丰富角色形象，让指挥官对游戏世界有更立体的理解。
玩法上，主线任务以常规战斗和剧情演出为主，难度循序渐进。神秘任务则可能包含解谜、限时挑战或特殊机制，比如需要指挥官操控敌方角色战斗，或者在不触发警报的条件下完成任务。这类设计让神秘任务更具趣味性和挑战性。
奖励方面，主线任务提供基础资源，比如黑卡、角色经验和养成材料。神秘任务则可能掉落稀有道具、专属涂装或隐藏剧情片段，这些内容通常无法通过其他途径获取，对收藏党来说很有吸引力。
如果想快速了解故事，优先推主线；如果喜欢挖掘细节，不妨多留意地图上的可疑角落或角色对话中的线索。两者相辅相成，共同构建出战双帕弥什的完整世界。
