舰船改造的核心在于合理分配技术值与模块强化。技术值通过舰船升级或开箱获取，所有子型号共用同一套技能点，因此需优先规划加点路线。装甲型舰船应侧重护甲与能量抗性，输出型舰船则需优先强化策略技能、冷却缩减和暴击属性。改造界面左下角提供洗点功能，可全额返还技能点重新分配，但需注意蓝图等级上限为50级，后期技能点仅能通过开箱补充。武器系统的单发伤害必须高于目标护甲值才能有效破防，否则仅造成10%保底伤害，这是改造火力系统的关键判定标准。
离子武器类改造需重点提升对护盾的穿透效果，而常规武器则需平衡伤害与命中率。部分舰船如ST59战巡虽经暗改削弱法抗，但通过能量抗性、护甲和减命中属性的组合改造仍能作为平民主力前排。载机类舰船若缺乏优质舰载机则不建议投入过多资源，其战斗力完全依赖蜂巢等顶级炮艇的配置。改造时需注意武器详情中的战斗序列，尽管部分武器标注了优先攻击目标类型，但实际战斗中仍可能对非序列内目标造成高额伤害。
装甲系统的改造需根据舰船定位差异化处理。前排承伤舰应优先选择焊接工艺强化和装甲淬火处理，提升10%结构值与30点物理抗性；中后排输出舰则可牺牲部分防御，换取动力系统的闪避或航速加成。特殊策略技能如阋神星驱逐舰的20%血量触发40%闪避效果，或红宝石护航艇的暴击爆伤联动，往往能通过针对性改造实现质变。需警惕的是，自带防空炮的舰船通常仅具备被动防空能力，区域防空型舰船如光锥级才是应对舰载机的有效选择。
拆解无用舰船可回收设计图与模组，但高稀有度舰船拆解前需谨慎评估。工程舰与721运输舰混编能提升采矿效率，而高级采矿平台的30%效率加成仅对同盟成员生效。改造过程中预制模块无法在战场维修，所有强化效果需返回基地才能生效。主力舰的武器调校存在保底机制，失败会累积5%成功率直至必成，可通过低阶技术消耗来稳定提升属性。
高速舰队依赖侦察舰建立计划圈实现曲速增援，而重甲舰队需搭配维修无人机维持持久战能力。没有绝对完美的改造方案，需根据敌方配置动态调整，例如面对斗牛级为主的舰队时，通过改造红宝石级护航艇的暴击属性可实现针对性克制。改造后的舰船编组需严格遵循站位逻辑，前排放置重甲单位吸收伤害，中后排配置输出与辅助单位，同时注意指挥值消耗与增援功能的配合使用。
