神兽的分布位置与捕捉方式与原版存在显著差异。该版本扩充了大量神兽的栖息地，部分神兽需通过特定条件触发或探索隐藏区域才能遇到。
火红802版本的三圣鸟（急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟）仍保留在原版固定地点，但等级和出现条件有所调整。急冻鸟位于双子岛最深处，需用怪力技能推动岩石堵住瀑布水流后才能进入洞穴；闪电鸟在无人发电厂深处，需开喷雾剂避免遭遇普通野生宝可梦；火焰鸟则固定在灯火山山顶的洞穴内，无需特殊条件即可直接对战。这三只神兽的等级均为50级左右，建议携带克制属性的宝可梦以提高捕捉成功率。
雷公、炎帝和水君的捕捉方式较为特殊。雷公需在完成二周目剧情后，于关东地区的草丛随机遭遇；炎帝出现在灯火山内部洞穴，需通过推石解谜进入；水君则位于五岛的高级度假中心附近水域，需使用冲浪术探索。这三只神兽的等级约为50级，且会主动逃跑，建议使用黑色眼神或踩影特性宝可梦限制其行动。华蓝洞窟的超梦为定点捕捉神兽，等级高达70级，需击败四天王后触发剧情才能进入。
部分神兽如洛奇亚、凤王和迪奥西斯需通过隐藏地图触发。洛奇亚在第八座彩虹岛右下方的海域，等级70级；凤王诞生于灯火山后的诞生之岛，需按特定路线推石才能遇到；迪奥西斯则出现在第九座彩虹岛的拼图房间内，完成拼图后等级30级。冰神柱（雷吉艾斯）位于四岛的冻瀑洞穴，需解谜滑冰机关才能抵达。
其他稀有神兽如吉拉奇和古拉顿的捕捉条件更为复杂。吉拉奇仅出现在幽灵塔顶楼，需通过暗器机关考验；古拉顿则埋藏于一号岛火焰山地下的岩浆区域，需携带防灼伤道具。部分神兽如阿尔宙斯需激活全图能量石才能召唤，而梦幻则随机出现在大宅最底层的草丛中，等级30级且出现概率极低。
火红802版本的神兽捕捉需要结合地图探索、剧情推进和道具使用。建议玩家在挑战前备足高级球、状态异常道具及克制队伍，并善用喷雾剂减少干扰。神兽的分布虽分散，但通过系统化探索均可逐一收服。
