舰队是探索宇宙的核心工具，合理的舰队配置直接影响着资源采集、战斗效率和战略布局。舰船分为护卫舰、驱逐舰、巡洋舰、战列巡洋舰和航空母舰等多个类别，每类舰船都有独特的定位和功能。前期应以护卫舰为主力，如雷里亚特隐身型和澄海级这类性价比高的舰船，它们消耗资源少且能有效应对初期战斗需求。随着基地等级提升，逐步解锁更高级舰船时，需要平衡资源投入与舰队实力提升的关系，避免过早建造高消耗舰船导致发展失衡。
舰船研究是强化舰队的关键途径，通过科研基地投入金属、晶体等资源研发新蓝图，或对现有舰船进行升级改造。研究过程中需注意舰船的子型号差异，比如红宝石离子炮型与基础型的战术定位完全不同。技术值的合理分配同样重要，优先强化舰船的核心属性，如护卫舰的闪避、驱逐舰的火力或支援舰的维修效率。舰船改装系统提供了深度定制空间，每艘船5-7个配件槽位允许玩家根据战术需求调整武器、护甲等模块。
战斗编组需要遵循明确的战术逻辑，通常分为主力队和高速队两种配置。主力队以战列巡洋舰和重型巡洋舰为核心，承担正面作战任务，配置时需确保6艘以上前排舰船形成有效掩护。高速队则由护卫舰和轻型驱逐舰组成，利用800以上的移动速度执行侧翼包抄、资源点突袭等机动任务。舰队的实际移动速度由编队中最慢的舰船决定，因此混编时需考虑速度协同性，避免高速舰船被重型舰拖累。
资源管理是维持舰队运作的基础，工程舰的采集效率直接影响发展速度。中型工程舰出现后应及时替换初级型号，技术值优先投入采集加速和仓库扩容。采矿时需注意资源点的储量上限，以及进入非安全区域后的防护措施。委托任务中的货物运输、科研采集等类型能提供额外资源，选择与舰队特性匹配的任务可提升完成效率。当舰队规模扩大后，燃料消耗会成为显著制约因素，在星港或友方基地停靠能有效降低损耗。
后期舰队建设需要更系统的战略规划，战列舰和航母的加入将彻底改变战斗规模。这类高人口舰船通常通过增援指令加入战场，避免拖累主力舰队的机动性。特殊功能舰船如防空型光锥、攻城型诺玛等，需要根据战场环境灵活调配。舰队在太空中的实际交战范围可达数百公里，合理运用伏击和要道封锁等战术，能最大限度发挥舰队的战斗潜力。最终成型的舰队不仅是武力的象征，更是玩家战略思维的具体呈现。
