玩家可以捕捉到多种传说中的神兽，包括三圣鸟（闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟）、超梦以及部分需要通过特殊条件触发的稀有神兽如洛奇亚和迪奥西斯。这些神兽分布在关都地区及周边岛屿的特定位置，捕捉前需做好充分准备，包括携带对应属性的宝可梦、高级精灵球以及状态异常技能。
闪电鸟位于枯叶市附近的无人发电厂最深处，等级为50级，属于电/飞行属性。建议使用地面系宝可梦抵抗其电系攻击，同时配备麻痹技能限制其行动。火焰鸟栖息在一号岛灯火山山顶，同样为50级火/飞行属性，岩石或水系技能能有效克制。急冻鸟则需在双子岛深处通过推岩石堵住瀑布后才能遭遇，冰系技能需用火系对抗。这三只神兽构成游戏基础的神兽捕捉体系，是玩家中期挑战的重要目标。
超梦作为人造神兽，需在华蓝洞窟最底层捕捉，等级高达70级且具备极强的超能力属性。建议携带恶系宝可梦应对其精神干扰技能，并准备大量高级球或大师球。洛奇亚出现在第八座彩虹岛右下方海域，等级70的水/飞行属性使其成为后期强力伙伴，电系技能可显著提升捕捉效率。迪奥西斯则需在第九座彩虹岛完成拼图后出现，30级的超能力属性使其相对容易收服但需注意其高速特性。
部分隐藏神兽如雷公、炎帝、水君会根据玩家初始选择的御三家不同而随机出现在关东地区草丛，等级均为50级。冰神柱可在双子岛特定滑冰区域通过撞击岩石触发出现，而古拉顿则隐藏在一号岛火焰山地底。这些神兽的捕捉需要结合游戏进程解锁对应区域，且多数要求玩家已击败四大天王。
神兽捕捉的核心技巧在于合理控制其HP至红色状态，并施加睡眠或麻痹异常状态。时间球在战斗超过30回合后效果最佳，而高级球在资源有限时更具性价比。队伍配置需针对神兽属性选择克制成员，如对抗闪电鸟时大岩蛇的完全电系免疫，或用水箭龟压制火焰鸟的火系技能。推岩石、解谜题等环境互动是触发部分神兽出现的必要条件，需提前查阅地形解法。
完成全神兽收集需要系统规划游戏路线，建议按三圣鸟→超梦→洛奇亚→隐藏神兽的顺序推进。每次捕捉前保存进度可避免意外失败，而携带会刀背打击技能的宝可梦能精准控制神兽血量。游戏中的狩猎地带和特定道具如剩饭（可通过寻宝机器在卡比兽睡眠处挖掘获得）也能辅助捕捉过程。最终集齐神兽不仅能完善图鉴，更能组建极具战斗力的传奇队伍。
