少年三国志零与少年三国志1在核心玩法上存在本质差异。前者彻底颠覆了系列传统的自动战斗模式，采用实时竞技与多元素融合的玩法，强调兵种相克、战术定制和军师技能释放的操作性。而少年三国志1更偏向传统卡牌回合制，战斗过程以自动推图为主，策略性主要体现在阵容搭配而非即时操作。这种差异直接导致两款游戏的命名逻辑不同，零代表玩法重启而非单纯续作。
兵种系统是少年三国志零的核心创新点。游戏将主将分为盾兵、步兵、轻骑、重骑、弓手和谋士六大类型，每种兵种拥有独特的战场定位和克制关系。例如轻骑能突袭后排克制远程单位，重骑擅长破盾打乱阵型，这种设计要求玩家在4×4格战前布阵中精准调配位置。相比之下，少年三国志1的兵种划分较为简单，仅作为属性加成存在，缺乏深度战术联动。
少年三国志零的红将、红宝物和红武魂系统构成核心付费点，尤其是随机属性的红武魂直接影响兵种培养方向，而少年三国志1更依赖彩金将的星级突破和技能觉醒。前者对平民玩家限制较大，需通过吴弓等固定流派过渡；后者则可通过日常积累逐步提升阵容强度。
少年三国志零推出九州争霸等三局两胜制的跨服对抗，要求玩家储备更多主将和军师资源。少年三国志1则以传统帮派战和排名竞技为主，社交压力相对较小。两者日常任务机制类似，但前者通过爵位系统将活跃度奖励与长期成长绑定，后者更侧重短期资源投放。
少年三国志零试图通过实时操作和兵种策略打造差异化体验，而少年三国志1延续了卡牌养成的基础框架。选择哪款游戏取决于玩家偏好：追求战术深度和操作感的玩家适合前者，喜欢轻松收集养成的玩家可能更倾向后者。
